De la Guerra de los cien años hasta 1780
Durante la Guerra de los Cien años que llevó el país a la ruina, se multiplicaron los salteadores de camino o las grandes companías de bandidos que saquearon, aruinaron, rescataron y devastaron el campo. Y la Cartuja de Valbonne no fue ahorrada : efectivamente, edificios tan grandes e aislados como el monasterio y al mismo tiempo poco acostumbrados a defenderse en cuanto a su vocación, estaban muy vulnerables.
Las guerras de religión del siglo XVI también afectaron mucho al monasterio . En 1585 la Cartuja es devastada, saqueada y calcinada. Son quatro siglos de archivos que quemaron.
Solo el « Kalendarium Cartusiae Valisbonae », manuscrito de 1200 páginas, escrito a partir de 1661, nos restituye un resumen de los quatro primeros siglos de vida en la Cartuja.
La Gran Cartuja envía nuevos monjes para restaurar y poblar la Cartuja de Valbonne. Las obras empezaron en 1593, y las celdas podran ser ocupadas diez años más tarde. François Laurent, un prior enérgico, vela por la seguridad del monasterio y permite así el regreso a una vida conventual regular en el monasterio.
El gran Claustro, así como lo podemos ver hoy en día, nació en esos tiempos. Así como la puerta delantera, de estilo renacentista, la que, aun siendo majestuosa, testimonia de los temores del momento con su « bretêche » que lleva encima. La reconstrucción duró mucho tiempo y la nueva iglesia solo fue construida entre 1170 y 1780.